Université de Toronto
La Dre Mélanie Courtot est directrice de l’informatique génomique et chercheuse principale à l’Institut ontarien de recherche sur le cancer à Toronto, et professeure adjointe au département de biophysique médicale de l’Université de Toronto. La Dre Courtot se passionne pour l’informatique translationnelle, c’est-à-dire la construction de systèmes intelligents favorisant l’acquisition de nouvelles connaissances pouvant permettre d’impacter la santé humaine. Son laboratoire vise à construire un écosystème de connaissances partagé à l’échelle mondiale afin de faire progresser la science et d’améliorer la santé de tous, ce qui nécessite des données de haute qualité, des processus d’intégration de données robustes à grande échelle et des plateformes de découverte permettant l’accès aux données au-delà des frontières internationales. À l’Institut ontarien de recherche sur le cancer (OICR), son équipe de 25 personnes s’occupe du développement de la suite logicielle Overture, laquelle a permis de gérer environ 3 millions de génomes (2,5 pétaoctets de données) auxquels ont eu accès plus de 300 000 chercheurs dans le monde entier. Overture soutient de nombreux projets actifs de génomique du cancer à grande échelle, notamment ICGC et ICGC-ARGO (qui recueillent des données moléculaires et cliniques de plus de 100 000 patients dans le monde), VirusSeq (portail canadien de la Covid avec plus de 500 000 séquences SARS-CoV-2), et la future bibliothèque génomique pancanadienne. Elle gère également la plateforme de partage et d’archivage des données sur les agents pathogènes en Afrique, laquelle permet de télécharger et de partager des séquences d’agents pathogènes et les métadonnées connexes dans toute l’Afrique continentale.
Après l’obtention de sa maîtrise en informatique en France en 2002, La Dre Courtot a travaillé comme ingénieure en logiciels et administratrice de base de données pendant plusieurs années en France, au Royaume-Uni, en Grèce et au Canada. Elle a obtenu son doctorat en bio-informatique à l’Université de la Colombie-Britannique en 2014, suivi d’une bourse de recherche postdoctorale en santé publique. Le Dr Courtot codirige le groupe de travail clinique et phénotypique et le groupe de représentation de l’utilisation des données et des cohortes pour l’Alliance mondiale pour la génomique et la santé, ainsi que les efforts d’harmonisation des cohortes pour le Consortium international des cohortes HundredK+. Elle est membre du conseil consultatif de la Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology, du projet European Open Science Cloud for Cancer et de la plateforme scientifique de données ouvertes eLwazi.