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Plateformes de logiciels de recherche au Canada

Le tableau ci-dessous est une liste partielle des plateformes de logiciels de recherche au Canada que CANARIE soutenait auparavant dans le cadre de son mandat en tant que bailleur de fonds des logiciels de recherche et que nous considérons comme activement prises en charge ou en cours de développement. Selon l’Évaluation de l’état actuel des logiciels de recherche, il y a deux catégories de LR : 1) les outils de LR; 2) les PLR ou services de LR (aussi appelés laboratoires scientifiques virtuels, environnements de recherche virtuels ou passerelles scientifiques). Bien que le contenu du tableau ne se rapporte qu’aux PLR, vous pouvez accéder à la plupart des services de LR en cliquant sur le lien des PLR. En collaboration avec ses partenaires, l’Alliance s’emploie à créer un répertoire exhaustif des services et plateformes de logiciels de recherche au Canada, et cette liste constitue le point de départ de cet effort. 

L’Alliance a également recours aux services du Research Software Directory (RSD) pour promouvoir la visibilité, l’incidence et la réutilisation des logiciels de recherche canadiens. La liste des logiciels de recherche canadiens ci-dessous est également disponible dans le RSD.

Mis au point par le Netherlands eScience Center, le RSD est un répertoire international des ressources et outils logiciels qui sont utilisés dans le contexte de la recherche universitaire. Il fournit un accès à un large éventail de ressources et d’outils logiciels.

Si vous avez un projet actif concernant des logiciels de recherche dont vous aimeriez voir les détails ajoutés dans la liste, ou si vous souhaitez modifier les renseignements que contient le tableau, veuillez envoyer un courriel à rs-lr@alliancecan.ca

Exigences :

  • Est un logiciel de recherche canadien (c.-à-d. est détenu ou dirigé par un établissement canadien).
  • Est une plateforme/passerelle scientifique, ou une composante d’un logiciel pouvant être déployé de façon indépendante.
  • Est disponible en vertu d’une licence d’exploitation libre ou découle d’un projet en exploitation libre financé par des fonds publics.
  • Est exploité actuellement.
  • Cadre avec le mandat de l’Alliance en matière de promotion.

Une plateforme de recherche qui ne répond pas à l’une des exigences ne pourrait pas être ajoutée dans le RSD.
 

Nom 

Mots-clés 

Titulaires 

Courriel de la personne-ressource 

3D Slicer (Site Web/Source/Article

médecine nucléaire, microscopie, IRM, visualisation, 3D, traitement informatisé d’images médicales, rendu volumétrique 

Harvard Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA; Université Queen’s, Kingston (Ontario); autres 

lasso@queensu.ca 

Plateforme de modélisation du flux sanguin par CHP PM3 : SimVascular (Site Web/Source/Article

modélisation, informatisation d’images médicales, mécanique des fluides, cardiovasculaire 

Institut de recherche en santé Lawson, London (Ontario) 

Sanjay.Kharche@lhsc.on.ca 

ArcticConnect – Plateforme aux fins de la recherche sur l’Arctique et le partage de renseignements (Site Web/Source

arctique, polaire 

Cybera et Université de Calgary 

arctic@ucalgary.ca 

Atlascine (Site Web/Source

atlas, cartographie en ligne, histoire orale, géovisualisation, multimédia, cartographie de récits 

Université Concordia et Université Carleton 

sebastien.caquard@concordia.ca 

BIRCH (Site Web / Article)

génomique, transcriptomique, séquençage, analyse de séquence, BLAST, biologie computationnelle

Brian Fristensky, Université du Manitoba

brian.fristensky@umanitoba.ca

Collaboratoire scientifique des écrits du Canada – CSÉC (Site Web/Source

culture canadienne et histoire, sciences humaines numériques, français, études culturelles 

Université de l’Alberta et Université de Guelph 

 cwrc@ualberta.ca 

CHORD de CanDIG : répertoire des données omiques sur la santé réparties au Canada (Site Web/Source

génomique, CanDIG, GA4GH

Université McGill 

info@computationalgenomics.ca

Canadian Advanced Network for Astronomical Research (CANFAR) – Réseau de pointe canadien pour la recherche en astronomie (Site Web / Source)

authentifié, CANFAR, Condor, répartis, traitement, récupération, stockage, machine virtuelle, service Web

Université de Victoria

canfar@uvic.ca

CBRAIN (Site WebSourceArticle

 grappe, modélisation de données, supercalculateur, CBRAIN, visualisation, neurologie, tâche, transfert de données 

Université McGill 

cbrain-support.mni@mcgill.ca 

ChemTools (Site Web/Source

dft conceptuelle, analyse démographique, atomes dans les molécules, théorie de l’orbitale moléculaire, matrices de densité, densité d’énergie cinétique

Université Queen’s, Université McMaster, Université de Gand

 

ClinDIG (Source

génomique, santé, clinique, fédéré

The Hospital for Sick Children, Université McGill, Canada’s Michael Smith Genome Sciences Centre, Réseau universitaire de santé 

data.team@uhn.ca 

CWRC-Writer (Site Web/Source

liaison d’entités nommées, reconnaissance d’entités nommées, sur le Web, TEI, DOL, éditeur XML 

Université de Guelph 

cwrc@ualberta.ca 

DataStream (Site Web

qualité de l’eau, bassins versants 

The Gordon Foundation

datastream@gordonfn.org 

Plateforme d’analyse génétique et génomique (GenAP) (Site Web/Source

métabolomique, biologie moléculaire, génomique, génétique, biologie, médecine, monocellulaire, santé, biologie computationnelle 

Université de Sherbrooke et Université McGill 

support@genap.ca 

Geodisy – Dépôt fédéré de découverte des données géospatiales du Canada (Site Web/Source/Article

métadonnées, données de recherche géospatial  

Université de la Colombie-Britannique 

geodisy.info@ubc.ca 

eugene.barsky@ubc.ca

HORTON (Site Web/Source

structure électronique théorique, chimie quantique 

Université McMaster 

horton-discuss@googlegroups.com 

ICGC ARGP (Site Web / Source)

cancer, génome, patients, données cliniques, oncologie

Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC)

amber@icgc-argo.org

iEnvironment (Site Web

morphologie fluviale, dépôt de données environnementales, cours d’eau douce, macro-invertébrés benthiques, Protocole d’évaluation des rivières de l’Ontario (PERO), eaux d’amont, eaux vives, stabilité fluviale, relevés sur les poissons, débit d’eau, cours d’eau franchissables à gué 

Université de Waterloo 

ienv@csg.uwaterloo.ca 

Passerelle iReceptor (Site Web/Source/Article

iReceptor, immunologie, immunogénomique 

 Université Simon-Fraser 

support@ireceptor.org 

IRIDA (Site Web/Source/Article

génomique, maladie infectieuse 

Université Simon-Fraser 

IRIDA-mail@sfu.ca 

LORIS (Site Web/Source/Article

base de données, neuroscience, science ouverte, neuroinformatique, neuroimagerie, source ouverte 

McGill Centre for Integrative Neuroscience, Alan Evans lab

info.loris@mcin.ca

Mass Spec Studio (Site Web/Article

 spectrométrie de masse, protéines 

Université de Calgary

dschriem@ucalgary.ca 

Mass Spec Studio pour la protéomique clinique (Site Web

spectrométrie de masse, protéines, protéomique 

Université de Toronto et Université de Calgary 

Hannes.Rost@utoronto.ca 

MINTED (Site Web

océans, océanographie, identifiants pérennes 

Ocean Networks Canada

info@oceannetworks.ca

Système de surveillance faunique Motus (Site Web/Source/Article)

science de la conservation, écologie du mouvement, surveillance faunique

Oiseaux Canada 

motus@oiseauxcanada.org 

MSS-IMProv (Site Web

modélisation, spectrométrie de masse, protéines 

Université de Calgary 

 

NatureCounts (Site Web / Source)

science de la conservation, observation des oiseaux, données ouvertes

Oiseaux Canada

dschriem@ucalgary.ca

Nunaliit (Site Web/Source/Article) 

collecte de données, base de données, visualisation, cartographie, mappage, javascript, Web, communication narrative, atlas

 Université Carleton 

hello@birdscanada.org

Agate d’OBiBa (Site Web/Source

épidémiologie, authentification 

Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM)

info@obiba.org 

Mica d’OBiBa (Site Web/Source

épidémiologie, dépôts de données 

Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM) 

info@obiba.org 

Opal d’OBiBa (Site Web/Source

épidémiologie, dépôts de données 

 Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM) 

 info@obiba.org

OpenMS (Site Web/Source/Article

protéomique, spectrométrie de masse, métabolomique, C++ 

Hannes Rost et équipe de OpenMS

open-ms-general@lists.sourceforge.net

OpenPNM (Site Web/Source/Article

modélisation du réseau de pores 

Université de Waterloo 

jgostick@uwaterloo.ca 

Système de gestion de données Overture (Site Web/Source

stockage infonuagique, génomique, portail de recherche, métadonnées, authentification 

Institut ontarien de recherche sur le cancer 

contact@overture.bio 

PACTE – Plateforme d’annotation collaborative de textes électroniques (Site Web

corpus, lexique, consignation, désambiguïsation, annotation textuelle, traitement du langage naturel, collaboration, entité nommée

CRIM 

support-pacte@crim.ca 

PhenoTips (Site Web/Source/Article

phénotype, interface de programmation, maladie rare, phénotypage profond, données sur les malades, ontologie, jumelage, généalogie, génogramme 

The Hospital for Sick Children, Université de Toronto et PhenoTips 

help@phenotips.com 

PoreSpy (Site Web/Source/Article

tomographie, analyse d’image, milieux poreux

Porous Materials Engineering and Analysis Lab 

jgostick@uwaterloo.ca 

Radiam (Site Web/Source

GDR, métadonnées

Université de la Saskatchewan

developers@frdr.ca 

Adoption d’une approche  de recherche fondée sur le cycle de vie au moyen d’Islandora (Site Web/Source

gestion de l’information, stockage de données, métadonnées

Université de l’Île-du-Prince-Édouard 

rlefaive@upei.ca 

Portail de recherche axé sur la découverte sécurisée des données, l’accès aux données et la collaboration (Site Web demandes d’accès aux données, collaboration, portail, gestion de l’utilisation, gestion des programmes, partage de données  Institut canadien du cerveau et Indoc Research  mjavadi@indocresearch.org 
Umple (Site Web/Source/Article génération de code, modélisation logicielle, UML, appareils étatiques Université d’Ottawa  umple-help@googlegroups.com
Produits de données en océanographie définis par l’utilisateur (Site Web océans, océanographie  Ocean Networks Canada   info@oceannetworks.ca 
Passerelle de santé virtuelle (Site Web) mobilisation des malades, gestion des données, plateforme de recherche, données, produits portables, partage de données, portail  Indoc Research sshahnazari@indocresearch.org
VirusSeq (Site Web / Source) données, virus, santé, portail de données, données ouvertes  Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC) info@virusseq-dataportal.ca
Web-enabled Awareness Research Network – WARN (Site Web océans, tsunami, séisme  Ocean Networks Canada info@oceannetworks.ca